Как должен быть сделан логотип сайта, и где размещен. Начнем с главного, по собственным наблюдениям понял что файл обязан быть logo.png и находится в корне сайта. Размер его не должен превышать более 500 пикселей по ширине и высоте. Более того важные изображения кроме логотипа могут быть в корневой папке, хоть рекомендаций для подобного от гугл нет. Тег alt также должен прописываться для лучшей поисковой выдаче.

Желательно для визуального представления иконку сайта создать из вашего логотипа или приближенную. В таком случае для посетителя будет лучше восприятие и понимание. Логотип как и favicon не может иметь большую палитру цветов, Несколько и не более, а лучше чтобы оно у вас было в векторном виде изначально. 

Прозрачность фона для файла logo.png ? Частый вопрос, тут нужно видеть само изображения, иногда как говорят подложка должна быть. 

Может ли быть несколько файлов логотипа ? Думаю да, просто их можно назвать logo2.png и так далее. Например на главной есть логотип для шапки, он одного размера, логотип в тексте другого и в подвале третий. 

И последнее, в микроразметке на главной должен быть указан путь к файлу logo.png. Хотя в других страницах и новостных публикациях можно настроить подтягивания своего изображения. И это есть очень правильным !